Caractérisation de la diversité génétique des bactéries Xanthomonas phaseoli pv. manihotis et Xanthomonas cassavae en RD Congo

Luzolo Tulomba, A. (2024). Caractérisation de la diversité génétique des bactéries Xanthomonas phaseoli pv. manihotis et Xanthomonas cassavae en RD Congo. Louvain, Belgium: Universite Catholique de Louvain, (74 p.).

Le manioc est l'une des principales cultures en République Démocratique du Congo, malheureusement il est affecté par divers agents pathogènes. Cette étude a exploré la diversité génétique des souches de Xanthomonas phaseoli pv. manihotis (Xpm) et Xanthomonas cassavae (Xc) en utilisant initialement la technique d'amplification de l'ARNr 16S pour confirmer l'identité des souches, puis la méthode MLVA (Multi-Locus Variable number tandem repeat Analysis) pour comparer les souches récentes aux anciennes souches du laboratoire SAVE, isolées en RD Congo dans les années 1970. La technique MLVA a permis de mettre en évidence la diversité au sein des souches comparées, tout en montrant certaines limites, notamment dans la comparaison des souches Lomami6 et UPB008, qui ont présenté des profils similaires. Le séquençage du génome entier de ces deux souches particulières a ensuite permis d'obtenir des informations plus précises. Les résultats ont confirmé que Lomami6 n'est pas une Xanthomonas cassavae, mais plutôt une Xanthomonas phaseoli pv. manihotis, tandis que UPB008 est effectivement une Xanthomonas cassavae. Par contre, aucun isolat de l’espèce Xanthomonas cassavae n’a pu être mise en évidence dans les souches récentes. Les résultats montrent que LOMAMI6 se rapproche de souches isolées en Colombie, au Nigeria et en Ouganda, tandis que UPB008 est génétiquement distinct des autres génomes de Xanthomonas cassavae déjà publiés sur la base des données NCBI. Les informations génomiques obtenues dans cette étude enrichissent notre compréhe...